最近バイナリなどを調査して分かったのですが、

1.CD2WAVのコピー機能は正常
　WAVEはどのPCでも同じものができる

2.午後のこ～だのエンコードエンジンも正常で
　CPUが違っても関係なし。
　ローカルのWAVEを別のPCでエンコードしバイナリ一致

3.この2つのソフトを組み合わせて取り込みと同時にエンコードを行ったときにだけ、CPU間に差が出る。
さらに同じCPUでも拡張機能がOn/Offによって
違うMP3ができる。

どうやら組み合わせがいけないようです。
CPUはPen4とAMD-Athron64です。

しかし、こんなことありえるのでしょうか・・・