コマンドプロンプト上で、
標準入力からWAVEフォーマットで入力してエンコードさせることが出来ますか？

出来るのならコマンドラインオプションを教えてください (__

自己解決したので自己レスでメモを残しておきます

http://anything.nu/gogo.htm　を参考にmingw上でgogo.exeを作って
http://www.rarewares.org/ogg.html　のoggdecをダウンロードして
次のようにしました

oggdec -o "hoge.ogg" | gogo.exe stdin -v 9 -q 0 -silent "hoge.mp3"

ついでにバッチ処理も書いておきます
( >cmd -version
Microsoft Windows XP [Version 5.1.2600]
(C) Copyright 1985-2001 Microsoft Corp.)

rem ------
rem ogg2mp3.bat hoge.ogg
@echo off
setlocal
:loop
if "%1"=="" goto exit
set file=%~dpn1.mp3
oggdec -o "%~1" | goto gogo stdin -v 9 -q 0 -silent "%file%"
shift
goto loop

:exit
endlocal
rem ------