お世話になります。
問1 非常に小さいサイズのファイル(数100KB程度)では問題は起こりません。
問2 どのファイルでも再現します。
問3 はい。何度でもそうなります。
問4 PCM,16bit,44.1khz,ステレオ です。

サポートです。長くお付き合い頂きありがとうございます。
いきなりですが結論から言いますと、残念ながら全く原因がわかりません。
＠さんの環境は極めて一般的で、それぞれのベンチマークでも性能が出ていることから
マシンに不良があるとは考え難いです。安心してお使いください。
一方で、問題の再現性は極めて高く、午後のこ〜だの不良だとすると
他の方にも非常に高い確率で起こるはずです。しかしそのような報告はありません。
また開発中にかなりのデータをエンコードしていますが、問題は見られませんでした。
引き続き調査してみますが、上記のような状態ですのですぐに解決と
いう訳には行きそうにありません。
そのような結論で納得していただけますでしょうか？

また、同じような症状の方がおられましたら報告お願いします。

＜概要＞
症状：ベンチ結果は50倍だが、実効速度は2倍程度しか出ない。
　　　処理が50%の所で急激に速度が低下。再現性100%。一度正常に戻った事がある。
チェック項目：
APP：午後のこ〜だ for Windows + petit310pl3
エンコードクォリティ: 通常 VBR: なし
OS：WinXP
CPU：Pentium4-2GHz、熱暴走無し、性能正常
MEM：512M、性能正常
HDD：性能正常
WAV：PCM,16bit,44.1khz,ステレオ。複数の異なるファイルで問題発生
　　　数百KB程度の小さなファイルは問題なし。正常なHDD上に存在。