wavファイルをmp3に変換して、再びwavに戻したときにWAVEfmtが16バイトから18バイトになっています。たぶん、「WAVEFORMAT」から「WAVEFORMATEX」になってるんだと思うんですが、wav変換時にWAVEFORMATになるように設定とかできませんか?