はじめまして。
mp3の出力モード(ステレオ、共包絡ステレオ〜)についてですが、
和差ステレオは「逆位相のデータはうまく圧縮できない」とあるので
まず使うことはないのですが、
ステレオ、共包絡ステレオの２つでは音質の点で考えるとどちらが有利なのでしょうか？
曲データや圧縮率によりけりで一概に言えないかもしれないし、そもそも音質的な変化がないのかもしれませんが、よかったら教えてください。

LAMEはJoint Stereoのエンコードを推奨していますね。-mの設定をしない限り
デフォルトではJ-Stereoです。　昔のようにエンコードエンジンの開発が
始まったばかりの時代だったらシンプルステレオがいいかもしれませんが、
現在では開発改良が進みシンプルステレオでエンコードするシーンはあまり無くなってきました。
せいぜい使うとしたら、二ヶ国語音声を左右に分けてエンコードしたり、
主音声と副音声を左右に分けるようなMP3ファイルを作成するときくらいでしょうか。
あとは、ソースによってJ-Stereoや共包絡ステレオではどうも音場の
定位がおかしいという時に使えばいいのではないでしょうか。

#自分自身の耳で確かめて好きなエンコード方法を選んでください。