ちょっと試してみました。
CDexは Ver1.40β9　gogo.dll 3.09は mingw32-gccで
コンパイルしたもの（makefile は 私バージョン(^^;)
ですからソース同梱のものと殆ど変わりありません）

結果は CDexのオプション設定のエンコーダの設定（gogo.dll
へ渡すパラメータの設定）のところでモノラル出力を除く
設定では正常にエンコードできました。

Monoの指定をした場合は、一瞬でエンコード終了になって
しまって正常なファイルが生成されませんでした。