16Bit、11025HzのWAVファイルをエンコードすると、
周波数が勝手に16000Hzに変換されてしまいます。
周波数を元のままエンコードするにはどうすれば
良いのでしょうか？

午後のこ〜だの　設定→詳細オプション設定→MP3設定　をご覧ください。
MPEG1 Audioの設定はfs=48〜32kHz、MPEG2 Audioの設定はfs=24〜16kHz、
というようになっていませんか。　見てのとおりfs=11.025kHzにはできません。