はじめまして。
報告が無いようなので gogo 3.0.6 を FreeBSD4.2/4.3 で
make した手順の報告です。

下準備: gmake と E3DNow,SSE2 対応 nasm を用意。
# nasm は herumiさんの Linax 用バイナリを Linux
# エミュレーションで動かしました。

ソースを修正: main.c, file_io/basic_io.c, engine/common.h
上記ファイル内の __linux__ 定義使用個所に __FreeBSD__ 追加。
例) #if defined(__linux__) || defined(__FreeBSD__) など。

linux/Makefile 修正:
LIBS += -lpthread を LIBS += -lc_r に変更。
nasm の path を用意したものに変更。

以上の修正を行い gmake すると gogo の make ができました。
まだ1曲しか試していませんが、問題無くエンコードできました。