お世話になります。
変換はおっしゃるとおりです。
ソースと保存先はローカルにおいてあります。
500KBytes 程度の Wave ファイルをエンコードすると、50% ぐらいのところで急激に速度が落ちます。

サポートです。遅くなって申し訳ありません。
> 500KBytes 程度の Wave ファイルをエンコードすると、50% ぐらいのところで急激に速度が落ちます。
かなり妙な動作ですね。ファイルサイズによって症状が変わりますか？
なお、午後のこ〜だ for Windows Ver3.10β5が最新版です。
熱暴走の可能性もチェックしてみてください。CPUクーラーが
適切に付いているかや、他のCPU処理系のベンチマークでも
遅くならないかなどをチェックしていただけると助かります。