お世話になってます。
こちらこそ、どうもありがとうございます。
耐久テストの結果は、以下のとおりです。

[DLL] GOGO DLL ver. 3.10pl3 (Aug 14 2002)
[結果] 再生の51.84倍速 / 音響解析なし / 使用機能 MMX SSE SSE2
[結果] 再生の58.51倍速 / 音響解析なし / 使用機能 MMX SSE SSE2 / 計測時間7分54秒 / 結果確認 エンコードは正常に行われています

サポートです。お手数かけます。
耐久テストは午後Ver2ではなくVer3のDLLが検出されたみたいですね。
どちらにせよ結果に問題は見られません。熱暴走の線は無さそうです。
問題の兆候から、CPUの異常加熱によって強制クロックダウン機能が働いている
のではないかと見ていたのですが、そうではないようです。
こちらで同じ状況を再現できれば解決も容易なのですが、
再現できませんし、現在のところ原因に見当もつきません。
状況を整理するため、さらにいくつかの質問をさせてください。
問1) wavファイルのサイズと問題の発生に関係がありますか？
問2) 特定のwavファイルのみで問題が発生しますか？
問3) 何度エンコードしても問題が発生する、つまり再現性がありますか？
問4) wavファイルのフォーマットは何ですか？
　　　これはファイルのプロパティの概要の項目に「PCM,16bit,44.1khz,ステレオ」のように書いてあります
よろしくお願いします。