補助入力またはWAVE 出力ミックスの録音ボリュームにあるチェックボックスを埋めて録音してみてください。 それらのボリュームが表示されていない場合は、Windows付属のボリュームコントロールのヘルプを参考に録音コントロールのフェーダーを全て表示するようにしてください。 ちなみに、デフォルトでは全て表示していない設定にしていることが多いです。